Почему ФНС доначисляет налоги бывшим резидентам «Сколково» из-за IT-льгот

Утрата статуса резидента «Сколково» лишает компанию освобождения от налога на прибыль по статье 246.1 Налогового кодекса с 1-го числа года, в котором годовая выручка превысила 1 млрд рублей. По состоянию на июнь 2026 года ФНС отказывает таким организациям в переходе на отраслевые IT-льготы в рамках того же налогового периода и доначисляет налог по общей ставке 25 процентов.

Претензии за 2023-2025 годы получили более 50 IT-компаний. Налоговые органы исходят из позиции: потеря «сколковской» льготы по прибыли не даёт права на «айтишную» льготу в том же году. Ниже - когда можно перейти на IT-преференции, как считаются доначисления и как оспорить акт камеральной проверки.

Почему ФНС предъявляет претензии бывшим резидентам «Сколково»?

ФНС доначисляет налог на прибыль компаниям, которые после потери статуса резидента «Сколково» сразу перешли на IT-льготу в том же году. Освобождение по статье 246.1 НК РФ прекращается с 1-го числа года превышения порога. Применить пониженную ставку для аккредитованных IT-компаний по пункту 1.15 статьи 284 НК РФ в этом же периоде нельзя.

Резидент «Сколково» освобождён от налога на прибыль в течение 10 лет. Льгота действует, пока выручка не превысит 1 млрд рублей, а совокупная прибыль - 300 млн рублей. При превышении выручки право на освобождение утрачивается с начала года. Прибыль до порога в 300 млн рублей облагается по ставке 0 процентов, далее - по общей ставке 25 процентов.

Компании пытались смягчить нагрузку. Получив аккредитацию Минцифры, они применяли к той же прибыли льготную IT-ставку 5 процентов. ФНС такой подход отклонила. Позицию ведомства закрепило письмо департамента налоговой политики Минфина, опубликованное в феврале 2026 года, и более ранние разъяснения службы 2025 года.

Спор возникает на этапе камеральной проверки декларации. Инспекция сопоставляет данные о выручке и прибыли с порогами по статье 246.1 НК РФ. Расхождение между заявленной IT-ставкой и фактическим статусом компании за период становится поводом для требования пояснений и последующего доначисления.

Превышение порога выручки в 1 млрд рублей переводит всю прибыль года под ставку 25 процентов с 1 января. Доначисление охватывает весь налоговый период, на сумму налога начисляются пени, а право на нулевую ставку за этот год не восстанавливается.

Описанный порядок применяется к типовым ситуациям перехода между льготными режимами. Конкретный спор зависит от даты превышения порога, структуры доходов и содержания акта проверки. Ошибка в выборе момента перехода увеличивает доначисление на весь год.

Когда можно применить IT-льготу после потери статуса «Сколково»?

По налогу на прибыль аккредитованная IT-компания применяет пониженную ставку 5 процентов с 1 января года, следующего за годом потери статуса резидента «Сколково». По страховым взносам действует иное правило: пониженный тариф применяется с месяца утраты статуса. Основание - пункт 1.15 статьи 284 и статья 427 НК РФ.

Разрыв в датах создаёт основную сложность. Налог на прибыль привязан к налоговому периоду - календарному году. Если компания утратила резидентство в январе 2026 года, IT-ставку по прибыли она применяет только с 2027 года. За 2026 год прибыль облагается по общей ставке 25 процентов.

Страховые взносы считаются помесячно. Пониженный тариф для IT - 7,6 процента сверх единой базы и 15 процентов в её пределах - применяется с месяца утраты статуса. Единая база на 2026 год составляет 2 979 000 рублей. Условия одинаковы для обеих льгот: аккредитация Минцифры и доля IT-доходов не менее 70 процентов.

Планирование перехода снижает потери. Компания, приближающаяся к порогу выручки, заранее оценивает дату его превышения и готовит документы для подтверждения IT-аккредитации. Заблаговременный расчёт позволяет распределить налоговую нагрузку и не получить доначисление сразу за весь год.

Применение IT-ставки по прибыли за год потери резидентства запускает камеральную проверку. Инспекция доначисляет налог по ставке 25 процентов за весь период, и подача уточнённой декларации задним числом право на льготу не возвращает.

Запрет на совмещение льгот «Сколково» и IT с 2026 года

С 1 января 2026 года совмещать резидентские льготы «Сколково» и отраслевые IT-преференции запрещено. Норма закрепила практику, по которой компания применяет только один набор льгот. До 2026 года организация, бывшая одновременно резидентом «Сколково» и аккредитованной IT-компанией, выбирала преференции по своему усмотрению при отсутствии иных нарушений.

Запрет затронул прежде всего страховые взносы. Пониженные тарифы IT для участников проекта «Сколково» с 2026 года не действуют. Компания выбирает режим: либо резидентские льготы, либо отраслевые.

Переходный период обострил споры. Налоговики распространяют логику запрета и на более ранние эпизоды - периоды 2023-2025 годов. Даже там, где формального совмещения не было, инспекции отказывают в IT-льготе вслед за потерей «сколковской». Подробный разбор отраслевых преференций приведён в материале о льготах для IT-компаний.

Налоговые претензии за 2023-2025 годы: масштаб и причины

Налоговые претензии по IT-льготам за периоды 2023-2025 годов получили более 50 компаний. Активность проверяющих выросла после 4 марта 2025 года, когда завершился мораторий на выездные проверки аккредитованных IT-организаций. Мораторий вводился письмом ФНС от 24 марта 2022 года во исполнение указа Президента и не был продлён.

С марта 2025 года инспекции проверяют правомерность применения IT-льгот за периоды 2022-2024 годов. Камеральные проверки деклараций продолжались и в период моратория, поэтому картина по большинству компаний у налоговых органов уже сформирована.

Отбор компаний идёт по риск-ориентированному подходу. Налоговые органы анализируют состав выручки, динамику прибыли и соответствие критериям аккредитации в автоматическом режиме. В зону внимания попадают организации с резким изменением структуры доходов и признаками формального соответствия льготе.

Часть актов выносится с нарушением сроков. Инспекции оформляют результаты камеральных проверок спустя несколько месяцев после истечения отведённого периода. Нарушение процедуры создаёт самостоятельное основание для обжалования акта.

Полученный акт камеральной проверки - не окончательное решение. До вступления в силу его можно оспорить через возражения и апелляционную жалобу. Пропуск срока на обжалование делает доначисление обязательным к уплате.

Какие риски несёт дробление бизнеса для IT-компаний?

Дробление бизнеса - вторая зона риска для IT-сектора. ФНС выявила признаки искусственного разделения у части аккредитованных компаний: из 20 000 организаций реестра под подозрение попало около 5 процентов. Понятие дробления закреплено Федеральным законом № 176-ФЗ от 12 июля 2024 года.

Под дроблением понимают создание отдельных юрлиц для занижения налогов и сохранения льгот. Выделение IT-направления в самостоятельную компанию само по себе нарушением не является. Риск возникает при отсутствии у новой структуры реальных активов, сотрудников и сделок с независимыми контрагентами.

ФНС оценивает экономический смысл разделения. Признаками искусственности служат общий персонал, единые офисы и расчётные счета, перераспределение выручки между связанными лицами. Перевод сотрудников и контрактов в новую IT-структуру без реальной самостоятельности повышает вероятность переквалификации сделок.

Доказанное дробление влечёт тяжёлые последствия. Признание схемы искусственной открывает доначисление за три года проверки, а умышленная неуплата налога влечёт штраф 40 процентов от недоимки по пункту 3 статьи 122 НК РФ - вместо стандартных 20 процентов по пункту 1 той же статьи.

Как защититься при доначислениях после утраты льгот?

Защита строится на трёх направлениях: проверка сроков и процедуры камеральной проверки, обоснование деловой цели структуры бизнеса, корректный расчёт момента перехода между льготами. Срок на подачу возражений на акт - один месяц со дня его получения по пункту 6 статьи 100 НК РФ.

Каждый этап имеет жёсткие сроки. Пропуск месячного срока на возражения лишает компанию права изложить позицию до вынесения решения. Досудебное обжалование обязательно перед обращением в суд по статье 138 НК РФ.

Доказательная база решает исход спора. Компания заранее формирует пакет: реестр профильных доходов, договоры на разработку и сопровождение ПО, документы об аккредитации Минцифры. Подтверждение доли IT-доходов не менее 70 процентов снимает основную часть претензий по налогу на прибыль и взносам.

Алгоритм действий при получении акта проверки:

1. Зафиксировать дату получения акта и проверить соблюдение сроков проверки.

2. Сверить расчёт доначисления с нормами статей 246.1 и 284 НК РФ.

3. Собрать документы об аккредитации Минцифры и доле IT-доходов.

4. Подать письменные возражения в течение месяца.

5. При отказе обжаловать решение в вышестоящий налоговый орган.

6. При неудаче досудебного этапа обратиться в арбитражный суд.

Частые вопросы

1. С какого момента бывший резидент «Сколково» платит налог на прибыль по полной ставке?

Полная ставка применяется с 1-го числа года, в котором совокупная прибыль превысила 300 млн рублей или утрачен статус резидента. До этого порога прибыль облагается по ставке 0 процентов. Основание - статья 246.1 и пункт 5.1 статьи 284 НК РФ. С 2025 года общая ставка налога на прибыль составляет 25 процентов.

2. Можно ли подать уточнённую декларацию, чтобы применить IT-льготу за прошлый год?

Подача уточнённой декларации не возвращает право на IT-льготу за год потери резидентства «Сколково». ФНС исходит из того, что отраслевая преференция применяется только со следующего налогового периода. Ранее такой механизм допускался, но позиция изменилась после разъяснений Минфина и ФНС 2025-2026 годов.

3. Какой штраф грозит за неправомерное применение налоговых льгот?

Неуплата налога из-за неправомерной льготы влечёт штраф 20 процентов от недоимки по пункту 1 статьи 122 НК РФ. При доказанном умысле штраф вырастает до 40 процентов по пункту 3 той же статьи. Дополнительно начисляются пени за каждый день просрочки. Доначисленный налог уплачивается в полном объёме.

4. Сохранится ли пониженный тариф страховых взносов при потере статуса «Сколково»?

Пониженный тариф для аккредитованной IT-компании применяется с месяца утраты статуса резидента «Сколково». Это правило отличается от налога на прибыль, где переход возможен лишь со следующего года. Тариф составляет 7,6 процента сверх единой базы и 15 процентов в её пределах. Условия - доля IT-доходов не менее 70 процентов и аккредитация Минцифры.

5. Как доказать, что выделение IT-направления в отдельное юрлицо не является дроблением?

Ключевой аргумент - реальная деловая цель и самостоятельность новой компании. Структура должна иметь собственных сотрудников, активы и независимые сделки. Налоговый орган оценивает совокупность признаков: общий персонал, единые ресурсы, отсутствие экономического смысла разделения. Документальное подтверждение функций каждого юрлица снижает риск претензий.

Переход с резидентских льгот «Сколково» на отраслевые IT-преференции требует точного расчёта сроков. По налогу на прибыль льгота применяется со следующего года, по взносам - с месяца утраты статуса. С 2026 года совмещение режимов запрещено. Ошибка в моменте перехода оборачивается доначислением за весь период и пенями.

«Ветров и партнёры» сопровождает налоговые споры по льготным режимам, включая споры резидентов «Сколково» и аккредитованных IT-компаний. Юристы анализируют акты камеральных проверок, готовят возражения и представляют интересы в арбитражных судах. Практика охватывает доначисления по налогу на прибыль и страховым взносам.

29 июня 2026 года